本縣麥寮鄉某養豬戶之停打疫苗試驗豬隻於98年2月18日經行政院農業委員會動植物防疫檢疫局宣布確定感染豬隻口蹄疫，本縣家畜疾病防治所已於發生第一時間（2月5日）完成清除發生場內全部豬隻，並針對畜舍及環境衛生進行消毒等其他相關防疫措施，同時立即於發生場週圍劃定管制區域，發生場半徑1公里內之養豬戶全部強制補強注射口蹄疫疫苗，發生場半徑1至3公里內之養畜戶，加強畜舍週圍環境消毒，並提供必要之補強注射口蹄疫疫苗。本府並將持續對區域內所有養畜場進行疫情調查及監控，請發生場週邊之養畜場配合實施。此外，本府已函令本縣各鄉鎮市公所動物防疫人員及各動物診療機構之獸醫，密切注意轄區內家畜之健康狀況，若有疫情應隨時通報本縣家畜疾病防治所。迄今縣轄內未再發現疑患或罹患相關疾病之病例。
由於本府平時即重視動物防疫工作並做好萬全的準備，故此次疫情能迅速有效之控制，雖然此次口蹄疫的發生將使除疫的時間增加至少1年半，然而唯有將環境中所有口蹄疫病源清除才是進入口蹄疫非疫國的唯一道路，因此台大獸醫系名譽教授賴秀穗說：「發生口蹄疫疫情是從疫區除名的必經之路…，只要疫情透明處理得宜才能儘快從口蹄疫疫區除名」，未來本府仍將以最專業最明快的原則繼續帶領本縣養畜戶往口蹄疫非疫國的方向努力。。